첫째, 무엇보다 준비 각 과정마다 장비, 설비가 필요하다. 템플릿을 만들기까지 각 단계를 구현하기 위한 여러 장비로는, 구강 심부의 이미지를 얻을 수 있는 CT, 구강 표면 이미지를 데이
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두 번째는 준비 시간이 필요하다. 템플릿을 준비하는데 소요되는 시간이 치과마다 일률적이지는 않다. 특별한 경우에는 한 시간 정도면 전 과정을 진행할 수 있는 방법이 있다고는 하지만 그것은 상당히 한정된 경우에 한해서고, 범용적인 기준으로 본다면 짧게는 1박 2일, 길게는 열흘 정도의 준비 시간이 필요하다. 준비 기간을 줄이기 위해서는 각 요소마다 필요한 장비들을 치과에 비치하는 것도 방법이지만, 그렇게 하기에는 시간과 공간과 비용의 문제를 해결해야 하는 단점이 있다.
편의성 측면에서는 일단 수술 공간의 문제가 가장 크다. 템플릿이 환자의 입안에 고정되는 것으로 발생하는 불편감, 템플릿 차지하고 있는 공간 이외의 여백에서 수술해야 하므로 시야가 잘 안 나오고 동작이 까다롭다. 더불어 환자도 입을 크게 벌려야 하므로 불편하다. 입안에 들어가는 템플릿의 두께는 아무리 얇아도 3미리 이상이고 높이의 경우는 긴 경우 15미리 가량 되기로 한다. 면적은 임플란트 식립 개수에 따라 다르지만 오백 원 동전 2개 정도부터 6개 정도 되는 것까지 다양하여 결국 장치의 부피감이 상당하다. 그러한 장치를 환자의 입에 넣고 거기에 더해 수술을 위한 핸드피스 일부와 드릴을 입에 넣으려니 조작도 어렵고, 입 벌리기도 어렵다. 이런 가이드 임플란트 수술만의 특수성으로 인해 집도의가 적응하고 숙련되기까지는 상당한 시간이 필요하다.
넷째. 부정확성.
그와 별도로 수술 과정 자체의 부정확성도 존재한다. 수술 범위가 큰 경우, 템플릿 고정을 위한 고정체가 부족한 경우, 뼈의 밀도와 양이 불균일한 경우, 집도의의 숙련도가 불충분한 경우 등에서 부정확도가 증가할 수 있다. 그렇기에 가이드 임플란트 수술의 숙련도는 전통적인 수술의 숙련도와는 그 기준이 다르다. 이쯤에서 가이드 임플란트를 신뢰할지 혼란이 올 수 있지만, 장점도 많고, 단점도 있는 가이드 임플란트를 어떤 경우에 적용하면 좋은지 마지막 편에서 살펴보기로 한다.