국세청, 양도세 부당 과세 환급 '폭탄'

[이데일리 성선화 기자] ‘IMF 사태’ 직후 부동산 경기가 꽁꽁 얼어붙자 정부가 향후 5년내 매도하는 주택은 양도소득세(양도세)를 100% 면제해주겠다고 했다. 문제는 재건축 아파트다. 30년전 조합원 아파트를 매입한 뒤재건축했다면, 양도세 감면 적용 시점을 언제로 봐야할까. 상식적으로 보면 당연히 30년전 매입 가격이 기준이 된다.

정부도 처음엔 ‘상식적’으로 판단했다. 하지만 2009년 생각이 달라진 정부는 재건축 아파트의 적용기준을 신축된 시점으로 바꾸고 1만 2000여명에게 약 1조 2000억원을 추징 부과했다. 이에 불복한 소송이 바로 3년을 끌어온 ‘양도세 경정청구 및 불복 소송’이다.

국세청, 발등에 불…향후 1만여건 추징 발목

지난 11일 대법원 1호 법정에서 열린 재판에서 조희대 대법관은 “‘신축주택 감면규정’을 무시하고 국세청이 ‘종전주택 및 토지부분은 감면혜택이 안된다’는 예규를 생성해 양도세를 추징한 것은 예규가 조특법을 추월한 무리한 과세”라며 이날 상고된 양도소득세 추징사건 3건 모두 납세자의 손을 들어 줬다.

이날 조 대법관은 서울 성동구 이모씨가 성동세무서장을 상대로 낸 ‘양도소득세 경정청구 거부처분 취소’ 소송에서 세무관서가 추징한 양도세 5000만원을 취소하고 소송비용을 피고가 부담하도록 판결했다.

서울 서초구 원고 이모씨가 서초세무서장을 상대로 낸 양도소득세 6700만원에 대한 부과처분취소 소송도 고법은 원고 패소판결을 내렸으나 대법원은 고법의 판결을 뒤집고 원고인 납세자 손을 들어 줬다. 이 두 사건의 소송 대리는 법무법인 광장이 맡았다.

이어 서울 송파구 함모씨가 잠실세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분 취소 소송도 고법의 판결을 뒤집고 파기환송판결을 내렸다. 원고는 잠실세무서가 부과한 양도세 2400만원과 소송비용을 환급받게 됐다.

이날 ‘신축주택감면(조특법 제99조 및 99조의3) 부분의 양도세과세 추징’ 재판에서 최종 패소한 국세청은 약 2000억원의 세금 ‘환급폭탄’을 맞게 됐다.

앞으로 과세예정인 유사 과세대상 1만 여건(미실현 추징 부과액 1조원)에 대해서도 추징이 어렵게 됐다. 이에 따라 가뜩이나 세수부족에다 새로운 세원개발에 어려움을 겪고 있는 국세청의 입장에서 보면 충격이 클 것으로 예상된다.

경정청구로 ‘부당 납부’ 세금 돌려받아

이날 잇따라 판결이 난 3건의 소송으로 향후 유사 사건에 해당자들이 혜택을 보게 됐다. 현재 유사한 과세 건으로 납세자들이 불복, 조세심판원 심판결정 및 행정법원 등에서 재판을 기다리는 건수가 1000건, 감사원에 감사 제청한 70여 건 등에 대해서도 국세청이 직권시정을 해야 한다.

그동안 불복소송을 벼르고 있던 납세자 1000여명은 소송에 들어가지 않고 과세관청에 곧바로 경정청구에 들어갈 수 있다. 대법원의 판결을 근거로 경정청구를 하게 되면 과세관청은 과세처분 직권시정을 할 수 밖에 없다. 이렇게 되면 국세청은 납세자가 이미 납부한 양도소득세를 되돌려 줘야 한다. 다만, 납세고지서를 받은 납세자들은 90일 내에 불복철차를 밟아야만 구제받을 수 있다.

☞경정청구(claim for rectification): 납세자가 이미 신고납부한 세금이 세법에 따라 신고하여야 할 세금보다 많았던 경우 법정신고기한 다음날 부터 3년 이내에 관할 세무서장에게 더 많이 낸 세금을 돌려달라고 청구하는 것을 말한다 .