금창원 쓰리빌리언 대표 “구글 알파미스센스와 하반기 희귀질환 분석 정확도 진검승부”

[이데일리 김승권 기자] 쓰리빌리언이 하반기 구글과 희귀질환 분석 정확도 진검승부를 앞두고 있다. 회사는 구글 딥마인드 알파미스센스와 정확도 대결에서 승리한 후 기업가치를 올려 하반기 코스닥 상장을 이룬다는 포부다.

20일 바이오업계에 따르면 이들 두 AI의 성능 대결은 이르면 하반기 본격적으로 이뤄질 예정이다. 쓰리빌리언 3cnet은 AI 대회인 ‘케이지’ 대회에서 딥마인드 알파미스센스와 정면 대결을 펼칠 것으로 예측된다.

금창원 쓰리빌리언 대표는 “단백질 구조 예측 문제는 인류의 난제 중 하나였는데 구글 딥마인드 알파폴드가 그냥 풀어버렸다. 신약 개발에 혁신이 백핸드로는 알파폴드로 인해서 촉발됐다는 게 업계 시각”이라며 “딥마인드가 단백질 구조 문제 다음으로 뛰어든 것이 알파미스센스를 통한 유전자 변이에서 유래한 희귀질환 문제이다. 이 부분에서는 아직 우리 인공지능 모델 성능이 더 우수한 걸로 평가된다”고 설명했다.

금창원 쓰리빌리언 대표 (사진=쓰리빌리언)

쓰리빌리언이 희귀질환에 AI를 사용하는 원리는

쓰리빌리언은 국내 최대 유전체 분석 회사인 마크로젠에서 임상유전학팀을 이끌던 금창원 대표가 2016년 스핀오프해 창업한 회사다. 희귀질병은 유전병의 일종이다. DNA는 아데닌(A), 시토신(C), 구아닌(G), 티민(T)의 4가지 염기로 구성됐다. 염기 중 하나가 빠지거나 순서가 바뀌는 변이가 발생하면 세포 조직이 제대로 형성되지 않아 질병이 발생할 수 있다. 이러한 염기의 잘못된 변화를 ‘미스센스 돌연변이’라고 한다. 쓰리빌리언은 이런 변화를 포착해 질병을 진단해준다.

구글 알파미스센스 희귀질환 분석 방식

이 과정에서 AI가 중요한 임무를 수행한다. 어떤 병원성 변이가 문제인지 찾아주는 것이다. 금 대표는 “질병들에 어떤 병원성 변이가 있어서 특정 증후군을 유발했는지 찾아내는 게 AI 진단의 목표”라며 “진단 측면에서 암은 훨씬 쉬운 문제다. 암은 진단 검사니까 증상이 있는 사람만 해당이 된다. 하지만 희귀질환 진단은 전체 2만 개의 유전자 지놈을 다 읽어야만 효과적으로 할 수 있다. 이 때문에 AI가 하는 게 사람이 하는 것보다 정확한 것”이라고 강조했다.

올해 구글과 정확도 대결, 전망은?

금 대표는 올해 구글 알파미스센스와 쓰리빌리언 AI의 성능이 비슷하거나 조금 우위를 보일 것으로 예상했다.

금 대표는 “쓰리빌리언은 2022년 미국에서 열린 AI 희귀질환 경진대회 ‘엑셀러레이트 레어’에서 우승했다. AI 희귀질환 성능 평가에서 구글 딥마인드의 알파미스센스가 또 다른 AI ‘EVE’ 대비 3.1% 우위를 보인 반면 쓰리빌리언 ‘3cnet’이 17.5% 우위로 구글을 앞섰다”며 “동일 ‘test set’ 에 대한 비교가 아니기 때문에 정확한 비교라고 할 수는 없지만 간접적으로 비교해 볼 수 있는 수치다. 곧 처음으로 정면 대결이 펼쳐질 예정인데 여기서 직접적인 결과가 나올 수 있을 것”이라고 말했다.

쓰리빌리언 인공지능 희귀질환 분석 방식

향후 5년 내 글로벌 시장 1%를 점유하겠다는 게 쓰리빌리언의 목표다. 현재 세계 50개국 300개 이상의 기관에 유전자 검진 분석 서비스를 공급하고 있는데 지금껏 의뢰된 유전자 진단 건만 6만건이 넘는다. 연간 기준으로는 2만여건을 넘겼다. 이는 유럽 최고 기업 센토진과 비슷한 수준이라고 금 대표는 설명했다.

금 대표는 “OECD 국가 기준 유전자 진단은 연간 700만건에 이를 것으로 추정된다. 쓰리빌리언의 경우 연 7만~10만건 유료 고객을 목표로 하고 있다. 그렇게 하면 연 매출이 1000억원 정도 된다”며 “따라서 향후 5년 글로벌 유전자 진단시장에서 점유율 1%를 달성하는 게 어렵지 않을 것”이라고 내다봤다.

쓰리빌리언은 올 하반기 코스닥 상장을 목표로 순항하고 있다. 최근 증시 상장을 위한 기술성 평가에서 A등급을 받으며 올 하반기 상장을 위한 유리한 고지를 점령했다. 한국 주요 병원과 미국 UCLA 병원 등 300곳 이상에 제품을 공급하고 있다. 매출은 작년 30억원 가량을 거뒀다. 금융업계 등에서 측정되는 회사 가치는 3000억원 정도다.

금 대표는 “기술성 평가를 2년 전에도 받았고 작년 하반기에도 받았는데 모든 지표가 그때보다 4~5배는 좋아졌다”며 “상세 지표를 보면 해외 매출은 50%로 비중이 늘었고 특허는 35개, 논문 수 76편(SCI 기준), 매출 30억, 주요 병원은 미국 등 300곳 이상으로 늘었다”고 설명했다.