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포문은 지상욱 바른미래당 의원이 열었다. 지 의원은 유선주 심팜관리관을 증인으로 세운 뒤 공정위가 조직적으로 위원회 심의 과정을 기록하고 투명성 확보를 위한 ‘회의록 지침’을 폐기했다는 의혹을 제기했다. 회의록 지침은 전원회의나 소회의에서 위원별 발언 내용이나 합의 내용을 회의록에 기록하고, 필요한 경우 그 일부를 공개하도록 한 규정이다. 공정위가 투명성 확보차원에서 회의록을 만들기로 했지만, 어떤 이유에서 이런 지침을 폐기하려고 했다는 의혹이다.
증인으로 나온 유 심판관리관은 “2015년 9월 제가 전원회의와 소회의에서 위원들의 논의를 기재하고 표결 결과, 녹음 기록을 남기는 지침을 만들었는데 (이후 공정위 내부에서) 폐지하려는 시도가 있었다고 저는 판단한다”고 주장했다. 하지만 공정위는 “지난해 9월 신뢰제고방안 발표로 합의과정을 더욱 구체적으로 기록하고 심의속기록을 공개하여 행정투명성을 강화하고자 노력하고 있다”면서 “보다 합리적으로 체계를 개편하고자 검토중이지 지침이 폐기될 위기에 있다는 주장은 사실이 다르다”고 해명한 바 있다.
유 국장의 주장은 다른 공정위 직원들의 의견과 엇갈리고 있는 부분이다. 내부에서는 오히려 유 국장이 공정위 내부 절차에 반하는 행동을 하고 있고 사실과 다른 주장을 하고 있다고 반박하고 있다. 하지만 지 의원은 유 국장의 주장을 폭로하고도 김 위원장의 해명을 듣지 않고 질의를 끝내려하자, 여야 의원간 충돌이 빚어지면서 잠시 정회가 선언되기도 했다.
김 위원장은 유 국장의 업무정지에 대해서는 “심판관리관 업무정지를 한 것은 갑질 신고에 대한 사실 확인을 하기 위해서 일시적이고 잠정적으로 한 것이다”면서 “ 조사 결과 나오면 소명하고, 정식 징계 등은 그때가서 하겠다고 통보한 것”라고 해명했다.