상호금융은 은행, 저축은행, 보험사 등 일반 금융기관과 달리 예금보험공사에 기금을 쌓지 않고 중앙회에 별도의 예금자보호기금을 적립한다. 조합이나 금고가 문을 닫으면 중앙회가 자체적으로 해결해야 해 예금자보호제도에 따라 5000만원 이하 예금자에 대해 전액 보전하는 저축은행보다 안전성이 떨어진다는 평가를 받는다.
실제로 현재 상호금융의 예금자보호 기금 적립률은 전체 예탁금의 1% 안팎 수준으로 0.5% 안팎인 은행보다는 높지만, 2%를 훌쩍 넘는 저축은행과 비교하면 현저히 낮은 실정이다.
문제는 중앙회 자금으로도 예금자를 보호하지 못하면 재정투입이 불가피하다는 점이다. 이해선 금융위원회 중소서민금융정책관은 “상호금융이 문제가 되면 막대한 자금 투입이 불가피한 만큼 사전에 관리감독을 강화해야 한다”며 “수신금리를 낮추고 비과세 혜택을 없애 몸집을 조금씩 줄여 나가도록 하겠다”고 말했다.
1990년대 중반 상호금융 비과세가 일몰제로 전환하면서 작년 말 폐지 위기를 맞았지만, 대선을 앞두고 표를 의식한 정치권의 반대에 부딪혀 논란 끝에 오는 2015년까지 연장됐다.