이에 따라 서민생활업종인 편의점, 제과점, 세탁소 등은 건별 수수료 부담에 따른 역마진 우려에 놓여 있다. 신용카드 의무수납제와 가격차별금지 법조항으로 가맹점의 운신의 폭이 크지 않은 가운데 금융당국은 VAN사 수수료 체계 합리화를 통해 영세 중소가맹점 부담을 더 낮출 방침이다. 실제로 카드 결제 단말기를 설치·운영하는 밴사는 소비자가 카드를 긁을 때마다 90~150원의 수수료를 챙기기 때문에 편의점 등 소액결제 비중이 높은 가맹점 부담이 더 크다.
현재 카드사가 밴사에게 지급하는 수수료는 연간 7000억~8000억원 수준. 이 가운데 30%가량이 판매사 지원금 형태로 밴 대리점들이 대형가맹점 등에 지급하는 것으로 추정된다. 최근 공정거래위원회는 우월적 지위를 남용해 부당하게 수수료를 받은 대형가맹점과 SI업체를 제재했을 뿐 밴사는 손대지 못했다.
현재 카드사들은 평균 카드 수수료(1.8%)의 0.2%가량을 밴사에 수수료로 지급하고 있다. 이 가운데 일반가맹점의 평균 수수료는 2.3~2.4% 수준으로 40~50bp(0.4~0.5%포인트)가량 낮출 여지가 있지만, 이미 영세가맹점들은 원가 이하인 1.5%의 수수료율을 적용받고 있어 추가적인 인하가 쉽지 않다.